1949年，伴随着新中国的诞生，中国科学院正式成立。中国科学院是中国自然科学的最高学术机构、科学技术最高咨询机构，建院以来为我国科技进步、经济社会发展和国家安全做出了不可替代的重要贡献。学科整体水平已进入世界先进行列，已成为不可替代的国家战略科技力量。

建院初期，中国科学院是全国科学中心和国家最高学术机构。同时还是政务院管理全国科学事业的政府部门。1949-1955年，中国科学院先后组建了44个研究机构，1955年6月，中国科学院学部成立，选聘了首批233位学部委员。在此期间，中国科学院凝聚了国内绝大部分一流科学家，吸引了大批海外杰出人才回国到院工作。

1956-1966年，是新中国科学技术发展的第一个黄金时期，也是中国科学院大发展的时期。中国科学院发展成为拥有119个研究所、职工总数6万余人的大型综合性科研机构，成立了中国科学技术大学，建立了研究生制度，形成了学科齐全的科技布局。

1966-1980年，中国科学院经历了从“文革”浩劫到“拨乱反正”的沧桑巨变。中国科学院尽其所能保留了中国科学技术的宝贵基础，迎来了“科学的春天”。

1981-1997年，在改革开放的新形势下，中国科学院三次调整办院方针，以适应国家和科技发展的新需求。中国科学院及其所属机构在科研管理、拨款制度、人事制度等一系列体制机制上率先进行改革探索，如兴办高技术企业，建设开放实验室，设立面向全国的科学基金，实行全员聘用合同制，实行研究所所长负责制，启动跨世纪人才工程“百人计划”等。中国科学院成为我国科技体制改革的先行者，孕育和发展了我国高新技术产业。

20世纪末，科学技术日新月异，知识经济初现端倪，人类社会正进入知识经济时代，创新能力成为国家竞争力的核心。1998年，党中央、国务院批准中国科学院实施知识创新工程，作为建设国家创新体系的试点。从此，中国科学院进入了一个新的发展时期。2002年，中国科学院提出了新时期办院方针，并在此基础上提出了新时期发展战略，明确了21世纪前20年的奋斗目标。